Я горжусь тобой, Леша!

16.12.2022 г. было опубликовано интервью с Алексеем Сергушичевым (https://www.youtube.com/watch?v=uB-BnsyIwaQ). Книга, которую я много лет пишу, называется «Мои счастливые годы жизни на кафедре «Компьютерные технологии Университета ИТМО (https://is.ifmo.ru/belletristic/moi-shastlivye-gody-30.pdf). Посмотрите это интервью, и Вы поймете, что счастливые годы на кафедре были не только у меня! А пока я расскажу, о чем говорил Леша, тем более что многое сказанное им касается и меня.

«Я родился в Вологде в 1991 г. еще в СССР. С шестого-седьмого класса от лицея, в котором давали хорошее образование по всем предметам, участвовал в городских олимпиадах по информатике. Три раза выходил в финал Всероссийской олимпиады школьников по информатике. На последнем из них получил диплом третьей степени, который давал право поступать в любой вуз страны, связанный с информатикой. Выбирал между МГУ, СПбГУ и ИТМО. Так как с девятого класса ездил в ИТМО на финал Всероссийской командной олимпиады школьников по программированию, то это во многом определило мое поступление в 2007 г. именно в этот вуз на кафедру «Компьютерные технологии» (КТ). Еще на мое поступление повлияло то, что, когда меня по телефону «заманивали» на КТ, то сказали, что у них занимаются компьютерными науками (к развитию которых на кафедре я несомненно «приложил руку», А.Ш.).

В университете на мое формирование, как личности, больше всего повлиял курс лекций Анатолия Абрамовича Шалыто «Автоматное программирование», который можно назвать «Лекциями о жизни». Этот курс, несомненно, повлиял на меня больше, чем, например, философия. Итак, лучший предмет для формирования личности тот, что вел Анатолий Абрамович, а с образовательной точки зрения – предметы, которые вел Андрей Станкевич.

Мой путь в науку начался с курсовика Анатолия Абрамовича, в рамках которого я и мои одногруппники и сокомандники по выступлениям на ACM ICPC Антон Александров и Сергей Казаков с помощью генетических алгоритмов выращивали на автоматах автопилот для самолета, что кончилось статьей в журнале «Известия РАН. Теория и системы управления» (http://is.ifmo.ru/works/2013/alexandrov_samolet.pdf).

Параллельно с этим я ходил на лекции Computer Science Club (https://compsciclub.ru/), где познакомился с Александром Охотиным (https://users.math-cs.spbu.ru/~okhotin/) из Турку, который занимался когнитивными грамматиками. Я съездил к нему на две недели и хотел писать по этой теме бакалаврскую. Затем я стал заниматься биоинформатикой (к появлению которой на кафедре я тоже «приложил руку» (https://vk.com/@1077823-kak-bioinformatika-i-sistemnaya-biologiya-poyavilis-na-na-ka), о чем Леша неоднократно рассказывал, например, здесь: https://news.itmo.ru/ru/university_live/achievements/news/9286/, а в этом интервью почему-то ничего не сказал, А.Ш.). В 2012 г. я через Федю Царева познакомился с Максимом Артемовым из Университета Вашингтона в Сент-Луисе и после окончания магистратуры поехал к нему на стажировку на четыре месяца».

А вот как я описываю эти события в указанной выше книге (https://is.ifmo.ru/belletristic/moi-shastlivye-gody-30.pdf): «В начале третьего курса в 2009 г. Алексей со своими однокурсниками Сергеем Казаковым и Антоном Александровым начали делать у меня курсовой проект по автоматному программированию, который затянулся на несколько лет (они все это время его не бросали и что-то для его продвижения делали) и закончился лишь в 2013 г. прекрасной статьей (http://is.ifmo.ru/works/2013/alexandrov_samolet.pdf).

В начале четвертого курса в 2010 г. Алексей сказал мне, что собирается писать бакалаврскую работу по когнитивным грамматикам у русского профессора из Финляндии. Я спросил Лешу, что профессор обещает ему, и с удивлением услышал: «Пятьдесят долларов за решенную задачу». «А аспирантуру или работу он тебе обещает?», – не унимался я. «Нет», – ответил Алексей. После этого я посоветовал ему забыть об этом «блестящем предложении» и подумать о сборке генома, которой в 2010 г. В. Исенбаев (http://is.ifmo.ru/genom/_isenbaev_thesis.pdf) и Е. Капун (http://is.ifmo.ru/genom/_kapun_thesis.pdf) посвятили свои бакалаврские работы, а М. Дворкин – магистерскую диссертацию (http://is.ifmo.ru/diploma-theses/_dvorkin_genom.pdf).

Их защиты дипломов проходили в июне, а где-то в октябре, все трое, несмотря на то что раньше обещали продолжать научную деятельность, отказались что-либо делать в этом направлении, и я, чтобы не оказаться совсем «козлом» перед академиком РАН К. Скрябиным и его «правой рукой» Е. Прохорчуком, с которыми мы начали заниматься геномом, позвал на эту тематику Лешу, Сергея и Антона, которых хорошо знал по курсовой работе.

В июне 2011 г. Алексей под руководством Феди Царева защитил бакалаврскую работу на тему: «Разработка метода восстановления фрагментов нуклеотидной последовательности по парным чтениям» (http://is.ifmo.ru/diploma-theses/2011-bachelor-sergushichev/), а через два года – под моим руководством магистерскую диссертацию на тему: «Разработка метода восстановления фрагментов генома по парным чтениям с ошибками вставки и удаления» (http://is.ifmo.ru/diploma-theses/2013/master/sergushichev/sergushichev.pdf). После этого Леша остался на постоянной работе на кафедре. По сборке геном мы выигрывали гранты, ребята участвовали в конференциях и писали статьи, и когда появился Максим Артемов, Леша уже был готов к работе по биоинформатике широком смысле этого слова, а теперь он стал признанным специалистом и по системной биологии (https://scholar.google.com/citations?user=fcH0gPgAAAAJ&hl=en).

Я спросил Алексея, как его мама отнеслась к тому, что имея возможность уехать почти куда угодно, он остался на постоянной работе в российском университете. Молодой человек гордо ответил: «У меня мама – доцент (tps://avt.vogu35.ru/avt/page.pl?m=86). Она понимает каков уровень моих публикаций». Побольше бы таких мам!

А вот крохотка под названием «Их нравы», которую я опубликовал в Интернете (http://is.ifmo.ru/belletristic/nravy): «Я написал Леше Сергушичеву, что начинает выходить журнал Nature Machine Intelligence. Это его не заинтересовало, так как, по его словам, ему и обычного Nature хватает :-)!»

Продолжу излагать то, что говорил Леша в интервью: «Считаю, что мне с ИТМО повезло. Я сделал правильный выбор. Никто мне не говорил, что делать, и я мог делать, что угодно. Это было очень классно, а жизнь на нашей кафедре была значительно интереснее, чем то, что я видел в других университетах. У нас была более здоровая атмосфера, чем на соответствующих кафедрах в СПбГУ и МГУ (Арина Буздалова назвала ее «атмосферой успеха» (https://is.ifmo.ru/aboutus/2018/16polosa.pdf), А.Ш.). Более того, после стажировки у Артемова меня брали в аспирантуру университета в Сент-Луисе, но я отказался, так как подумал: «Санкт-Петербург – отличный город, а на кафедре я могу делать, что хочу, тем более что для исследований по биоинформатике специального инструментария не требовалось». Еще было здорово, что на кафедре много чего интересного происходило, и если бы с биоинформатикой у меня не сложилось, то я мог бы в том же коллективе заняться чем-то другим прикольным, например, машинным обучением. Но у меня все получилось, и с 2016 г. после защиты диссертации я руковожу на кафедре биоинформатикой.

Моя научная деятельность является и моим хобби, но я не буду рекомендовать такую жизнь другим, но зато я могу посоветовать следующее: «Работа с первого-второго курса бакалавриата – большой материальный соблазн, на который не надо поддаваться: заработать всегда можно успеть, а в это время надо учиться, но не чему-то очень прикладному, что дает работа, а каким-то «вечным ценностям» – базовым принципам, и такие знания давали и дают на КТ.

У меня все эти годы не было желания уйти куда-то из лаборатории, так как все это время ИТМО выигрывал программы по поддержке университетов, и я, успешно занимаясь наукой, получал неплохие деньги, и всегда знал, если мне понадобится больше денег, то я со своим образованием найду соответствующую работу без проблем».

А пока Леша публикуется в таких журналах, которые мне и не снились: Nature, Nature Microbiology, Immunity, Cell, Molecular Cell, Cell Metabolism, Cell Reports, Cell Host & Microbe, Giga Science и т. д. При этом отмечу, что во Франции считается, что если у ученого вышла статья в одном из трех журналов: Nature, Science, Cell, то он продуктивно работает четыре года… У Алексея такие соавторы, как, например, Mark Daly с индексом Хирша … 256 (https://scholar.google.com/citations?user=SW3aNagAAAAJ&hl=en).

Как-то Леша сказал, что его мечта – публикация статьи в Nature, в которой он будет первым автором. Когда я написал это в «Заметках о мотивации» (https://is.ifmo.ru/belletristic/_zametki_o_motivacii_220127.pdf), один мой знакомый спросил: «А это круто, когда мечта – это всего лишь публикация в каком-то журнале?» Я ответил: «Да, это очень круто, когда в таком журнале и первым автором. В настоящей науке свои законы». Он написал: «Тогда понятно, почему большое число открытий сделано людьми, далекими от науки :-)». На это я ответил: «Ни одно открытие не сделано не учеными, людьми, далекими от науки, сделаны только изобретения!»

Я спросил Лешу, согласен ли он с моим утверждением? Он ответил, что в целом у него нет возражений, но, видимо, что-то можно открыть и случайно. Я согласился с ним и сказал: «Мне кажется, что случайно можно открыть книгу на той странице, которая нужна, да и то, скорее всего, если на этой странице ее уже открывали». Лешина улыбка была одобрительной.

В 2017 г. Леша вошел в пятерку лучших молодых ученых страны по
системной биологии (https://www.pm.skoltech.ru/) и попал в Skoltech Fellowship Program 2017! (http://www.skoltech.ru/en/2017/04/the-winners-of-the-systems-biology-fellowship-program-2/). Так были оценены результаты его исследований по созданию вычислительных методов и программного обеспечения, которые позволят понять динамику регуляции биохимических реакций в процессе иммунного ответа (http://news.ifmo.ru/ru/science/it/news/6584/). При этом хочу отметить, что в университете Леша не только системную, но и никакую другую биологию, не изучал. Продолжительность проекта – три года. При этом главное, что победителям этого конкурса никуда не надо переезжать, а следует только раз в год отчитываться.

Сотрудница нашего университета Нина Яныкина на это сообщение отреагировала так: «Какая круть!» Я ответил: «Еще какая! В комиссии было шесть человек, из которых двое – совсем не простые ребята, которые приехали из Америки – Михаил Гельфанд (внук великого математика Гельфанда) и Константин Северинов, который командует тремя лабораториями – двумя в России и одной в Америке». Мой аспирант Игорь Бужинский, который, как и многие окружающие меня люди, нелегко «расстается с добрыми словами», написал: «Зашибись успех!»

После этого я стал называть Лешу «великим русским ученым», учитывая указанный выше его «послужной список». Как-то один наш молодой коллега высказал сомнение в моем вкладе в развитие биоинформатики на кафедре – он все заслуги в этом вопросе отнес на счет Алексея.

Я транслировал это высказывание Леше, который прокомментировал его так: «Вы называете меня «великим русским ученым», так вот «великим ученым» я, возможно, стал бы и без Вас, но русским и по этой тематике – только благодаря Вам». Неплохо сказано, не правда ли? Особенно если учесть, что Леша родом, как отмечено выше, из Вологды. Я считаю своим большим достижением из русских делать русских, а не каких-то других ученых.

Сейчас Алексей в рамках программы «Приоритет 2030» руководит в Университете ИТМО фронтирной лабораторией «Вычислительные методы для системной биологии» (https://2030.itmo.ru/computational_methods_for_systems_biology). Термин «фронтирная» связан с необходимостью публиковать свои результаты в журналах из ТОП 1% и ТОП 3%, а также в материалах конференций А*.

Счастья тебе, Леша! Я горжусь тобой!

17.12.2022. https://news.itmo.ru/ru/blog/336/