Desmid Database
Marien van Westen
1. Введение
Существует множество способов хранения данных природоохранных исследований. Для небольших объёмов данных многие из нас используют Excel. В Нидерландах некоторые используют несколько устаревшие базы данных Spot или BasisLogboek. Существуют также профессиональные системы, такие как Turboveg или EcoLIMS. Популярными веб-базами данных в Нидерландах являются Telmee.nl или Waarneming.nl.
Поскольку я провожу много исследований для природоохранных организаций и мне приходится составлять отчёты с картами распространения и таблицами данных исследований, все эти системы имели свои недостатки. По этой причине четыре года назад я начал разрабатывать собственную систему баз данных. Эта база данных специально предназначена для десмидиевых. Эта система называется DesmidDataBase.
DesmidDataBase (DDB) — это программа для работы с базами данных, которая позволяет систематизировать информацию о десмидиевых. Как и в любой базе данных, функции поиска очень важны. Поэтому я реализовал множество функций, необходимых мне для моих отчётов. С помощью этой программы также можно создавать карты распространения и таблицы со списками видов. В программу встроен расчет природоохранной ценности по методу Peter Coesel (1). Это настолько специфично для десмидиевых, что ни одна база данных не предлагает такой возможности. В этом отношении DDB уникальна.
Для создания карт распространения включены только три карты Нидерландов, но пользователь может добавлять карты в систему. Также возможно отображение данных в Google Earth или Open Street Map, что позволяет обходиться без карт. Это позволяет найти точное место взятия конкретного образца даже без топографической карты.
Пункт меню «Данные ячеек» позволяет найти информацию о инвентаризированных квадратах размером 1x1 км («km-hokken» на голландском языке) или квадратах размером 5x5 км («uurhokken»). Если в вашей стране используется система координат, основанная на квадратах размером 1x1 км и/или 5x5 км, вы также можете использовать эту опцию для своей системы. Однако необходимо, чтобы координаты содержали только цифры и десятичный разделитель (точку или запятую) без каких-либо других символов.
Для других стран наиболее удобной системой будет использование координат «широта-долгота», поскольку карты распределения можно отображать на карте с прямоугольными координатами или в Google Earth. Для Нидерландов наиболее удобной системой будет использование голландской системы координат RD (координаты Амерсфорта).
При желании собранные данные можно экспортировать в другие форматы: например, в Excel (XLS или XLSX) или в формат Tab Separated Values (TSV).
Также можно просматривать данные, созданные в Excel, а также файлы TSV, созданные другими программами.
Наконец, можно создать на компьютере пустую папку с информацией о местоположении (название местоположения и координаты X и Y) в качестве имени файла. Это может быть полезно, если вы делаете фотографии с помощью микроскопа и хотите сохранить их в упорядоченном виде.
Хотя эта база данных предназначена для хранения данных о десмидиевых, она также подходит для других водных организмов при наличии списка их названий. Пользователь может создать такой список в Блокноте. Также возможно добавление названий в существующий список. Откройте файл «AdditionalTaxalist.csv» (в папке Lib) в Блокноте, чтобы увидеть, как должен выглядеть такой список. Те, кто хочет хранить информацию о высших растениях, мхах и грибах, также могут использовать эту базу данных. Конечно, информация о pH и электропроводности (EC) в этом контексте, очевидно, не имеет значения.
2. Начало работы с DesmidDataBase
При запуске DDB отображается главное окно со строкой меню в верхней части и большим количеством полей ввода в остальной части окна. Строка меню позволяет пользователю выбирать из множества предлагаемых DDB опций. Хотя на первый взгляд это может показаться немного пугающим (рис. 2.1), работать с этой системой будет довольно просто.
Экран разделён на три части. Верхняя часть содержит общую информацию о конкретном местоположении. Нижняя часть содержит список всех найденных видов и дополнительную информацию о каждом виде. Средняя часть — это раздел для ввода найденных видов. Ввод названия очень прост. Просто введите часть названия в поле поиска. Отобразятся все соответствующие названия, и после выбора правильного названия можно ввести остальные данные.
Наконец, с помощью строки меню можно выбрать ряд дополнительных опций. Подробную информацию об этих опциях вы найдёте в других разделах данного руководства.
2.1 Создать новую базу данных
При первом запуске программы у вас нет базы данных, поэтому сначала её необходимо создать. Выберите File -> Select Database, а затем «Create new database». Будет создана пустая база данных с выбранным именем. Нажмите «ОК», чтобы вернуться на главный экран. Теперь вы можете начать вводить данные. Все введённые данные немедленно сохраняются и будут доступны при следующем запуске программы. Обратите внимание, что при следующем запуске программы открывается последняя использованная база данных.
Сначала необходимо ввести данные об исследуемом местоположении.
Нажмите на значок «+» в верхней половине экрана на панели навигации (панель с девятью кнопками, расположенными рядом друг с другом) и введите необходимую информацию (это также можно сделать с помощью клавиш ALT+INSERT).
Постарайтесь заполнить как можно больше данных об исследуемом местоположении. Укажите, как минимум, название, дату и координаты. Используйте клавишу TAB для перехода к следующему полю (клавиша SHIFT+TAB — к предыдущему).
Дату необходимо вводить в отдельных полях для дня, месяца и года. Возможно, вы захотите добавить комментарии к местоположению, но это на ваше усмотрение.
Теперь необходимо ввести координаты X и Y. Способ ввода зависит от используемой системы координат: в голландской системе координат RD координаты вводятся в метрах (шесть цифр) или км (т.е. с точкой. Обратите внимание, что разделители тысяч не используются). С GPS вы получите X = Y = 236 215 и 559 987 (в метрах). Вы также можете ввести X = 236,215 и Y = 559 987 (обратите внимание, что в качестве разделителя можно использовать запятую или точку).
В большинстве случаев данные вводятся в десятичных градусах (широта и долгота). X = 6,597182 градуса, а Y = 53,020965 градуса. Если вы не измеряли координаты в полевых условиях, их можно найти в Google Earth.
Используйте достаточное количество знаков после запятой при вводе десятичных градусов!
Смешивание разных систем невозможно. Имейте это в виду!
Примечание: необходимо ввести название места и полную дату.
После ввода всех данных о местоположении необходимо нажать кнопку с галочкой на панели навигации (или нажать Alt+ENTER). Только после этого информация будет сохранена. Если вы передумаете, вы можете отменить ввод данных, нажав кнопку X (Отмена) или клавишу ESC.
Если вы регулярно отбираете пробу из одной и той же точки, вы можете воспользоваться функцией «Copy this record», чтобы создать копию информации об участке (не включая только дату, pH и электропроводность). Это избавит от необходимости вводить данные вручную.
В поле «Cons. Value» будет отображен краткий расчёт природоохранной ценности. Если вы хотите применить расчёт только к видам, для которых нет сомнений, снимите флажок «Игнорировать D, 0, ? и N». Это означает, что все виды с численностью 0 (ноль) и клетки с состоянием жизни D (мертвые) будут проигнорированы (то есть мёртвые клетки не будут учитываться). Также из расчёта будут исключены клетки, для которых есть сомнения в определении (N в поле Sure «Уверены?» или см. в названии).
2.2 Добавление данных десмидиевых водорослей
Вводить данные о найденных десмидиевых удобнее всего с помощью клавиатуры, мышь не требуется. База данных DDB содержит список видов десмидиевых. Фактически, их два: один для голландских десмидиевых, а другой для европейских. Оба списка доступны в файле TaxalistAnnoteted.dbf. Этот список содержит виды, обнаруженные в Нидерландах. Список европейских видов является расширением списка голландских видов, хотя на данный момент он далек от полноты. Списки содержат информацию об авторах, а также об экологических предпочтениях видов и о редкости.
С помощью клавиши INSERT (убедитесь, что Num-Lock отключен) вы можете добавить новый вид в список. Курсор теперь находится в поле поиска. Введите здесь несколько символов названия. Если, например, введено Tetmemorus, введите «tetm». В поле под полем поиска появится список названий, соответствующих искомым символам. Нажмите клавишу TAB, чтобы перейти в это поле, и выберите нужное название с помощью клавиш со стрелками. Примечание: вам не нужно вводить первые буквы названия. Чтобы найти Euastrum binale var. gutwinskii, просто введите «gut»! Чтобы ввести Cosmarium obtusatum, вам нужно ввести только «c obt». Не забудьте пробел между «c» и «obt». После выбора нужного названия оно появится в поле «Desmid». Используйте клавишу TAB, чтобы перейти в это поле. Всё в этом поле можно редактировать. Например: Нажмите кнопку END и добавьте (или дополните) что-нибудь к названию (например, «cf.» или название разновидности, которой нет в списке).
Для часто встречающихся десмидиевых, которых нет в TaxalistAnnotated.dbf, можно использовать кнопку «Add to Search List», чтобы добавить вид в дополнительный список (AdditionalTaxalist). Полезным дополнением может быть, например, «No Desmids found» или «Closterium idiosporum/pronum» и т. д. Список названий, хранящихся в «taxalist.csv», можно редактировать, например, в Блокноте. Если вы хотите удалить названия из списка, это также можно сделать в Блокноте. Нажмите клавишу TAB, чтобы ввести обилие. Вы также можете использовать клавиши со стрелками (ВВЕРХ и ВНИЗ), чтобы выбрать обилие. В зависимости от выбранного формата, введите «+» или число, соответствующее количеству клеток на мл, или число обилия (1, 2 или 3). Используйте клавишу TAB для перехода к следующему полю. Здесь вы вводите один символ (L, D или U), чтобы указать, является ли клетка живой или мёртвой. Используйте U (неизвестно), если необходимо ввести неполные данные чьего-либо другого наблюдения. Здесь также можно использовать клавиши со стрелками. В следующем поле «+» означает, что найдена зигоспора. В следующем поле «+» указывает на наличие изображения или рисунка. Наконец, есть место для дополнительных комментариев.
Используйте сочетание клавиш SHIFT-TAB для возврата к предыдущему полю.
Используйте клавишу ESC для отмены всех изменений (также можно использовать клавишу X на панели навигации).
CTRL-ENTER сохраняет все изменения в базе данных.
Используйте сочетание клавиш CTRL-E для перехода в режим редактирования. После этого можно изменить одно или несколько полей записи.
Также можно изменить информацию о десмиде из таблицы в нижней части основной формы. Перейдя к полю, которое нужно изменить, нажмите клавишу ENTER. В полях над таблицей теперь можно изменить всё, что угодно. Сохраните изменения, нажав CTRL-ENTER.
3. Меню DesmidDatabase
3.1. Файл
Select Database
В DDB можно управлять несколькими базами данных с информацией о десмиде. С помощью этой опции можно выбрать базу данных, а также создать совершенно новую (пустую) базу данных.
Здесь также можно удалить базу данных.
Внимание! При удалении базы данных все данные будут безвозвратно удалены!
Import...
Откроется подменю: Импорт файла TSV или XLS
Если данные находятся в подходящем формате Excel, вы можете открыть этот файл XLS (XLSX) в DDB и импортировать данные. Многие программы предлагают возможность экспортировать данные в файлы с разделителями табуляции (TSV-файлы). DDB может читать эти файлы, поэтому вы можете использовать эту опцию для переноса данных в DDB.
3.1.1 Импорт Excel-файлов или TSV-файлов
DDB может импортировать файлы Excel. Поэтому, если вы ранее хранили данные Desmid в файле Excel, их легко преобразовать в DDB. Некоторые программы для работы с базами данных могут экспортировать данные в формат Excel, поэтому вы также можете импортировать данные из этих программ. Однако не все программы могут экспортировать данные в формат XLS. К счастью, многие из этих программ позволяют экспортировать данные в так называемый файл с разделителями табуляции (часто с расширением CSV). Если вы хотите импортировать данные в DDB, сначала выберите нужную базу данных или создайте новую. Затем откройте меню «File» и выберите «Import…», а затем «Import TSV or XLS file». Откроется новое окно (рис. 3.1).
В левом верхнем углу находится кнопка «Open Database». Нажмите на неё и выберите нужный файл. Все данные из файла будут отображаться в нижней половине экрана в формате, более или менее похожем на Excel (ширина столбцов, вероятно, неверна, но вы можете изменить её так же, как в Excel). В верхней половине окна можно указать, в каком столбце находятся название местоположения, день, месяц, год и т. д. Выберите нужный столбец для каждого элемента, который вы хотите импортировать в базу данных. Если определённые данные недоступны, выберите 0 (ноль).
Также укажите, с какой строки начинаются реальные данные. Иногда верхние строки таблицы Excel содержат дополнительную информацию, которую вы, возможно, захотите пропустить при импорте. Программа определяет, какие данные относятся к одному местоположению, проверяя содержимое определённых столбцов. Если содержимое этих столбцов одинаково, данные взяты из одного и того же местоположения. Вы можете выбрать столбцы, определяющие уникальное местоположение, справа (Уникальное местоположение определяется столбцом :).
Примечание: Программа предполагает, что все данные, относящиеся к одному местоположению, находятся в последовательных строках в файле импорта! Если в вашем файле это не так, сначала выберите уникальные местоположения, а затем отсортируйте таблицу с помощью функции «Sort Data at Unique Location».
Убедитесь, что выбрана правильная система координат для координат X и Y. Наконец, в некоторых таблицах дата будет представлена в одном столбце, а не в отдельных столбцах для дня, месяца и года. Справа (Формат даты) можно указать, как следует обрабатывать дату. Также важно указать, нужно ли заменить существующую базу данных или добавить информацию из этого файла к уже существующей.
Эти настройки можно сохранить с помощью функции «Save Column info file», чтобы в следующий раз не выбирать всё заново. При импорте большого количества файлов одного типа можно выбрать «Last used Column info», чтобы не открывать файл заново.
Если всё настроено, нажмите кнопку «Create Database». В зависимости от размера файла создание базы данных может занять некоторое время. Закройте окно импорта, чтобы увидеть импортированную базу данных в главном окне.
На рисунке 2 видно, что столбцы 1, 7 и 8 определяют уникальное местоположение (часто бывает полезно использовать название местоположения, координаты и/или дату в качестве критерия). Поскольку числа от 1 до 8 представляют приоритет, это означает, что данные будут отсортированы по названию местоположения, затем по координате X, а затем по координате Y. В большинстве случаев все данные, относящиеся к одному местоположению, будут отсортированы в последовательных строках таблицы.
Export ...
Это также открывает подменю. Существует два варианта экспорта:
Export as TSV separated text
Данные можно экспортировать в формате TSV. Таблицы в этом формате можно легко импортировать в другие базы данных, а также в Excel.
Export as Excel (XLS or XLSX) file
Данные будут сохранены в формате файла Excel. Таблицы в этом формате можно открывать в Excel и других базах данных.
Create Backup
Это создаст резервную копию базы данных, например, на USB-накопителе или в другой папке на другом диске. Делайте это регулярно!
Exit
Программа будет закрыта. Вы также можете выйти из программы, нажав кнопку закрытия в главном окне. После каждой операции данные записываются на диск, поэтому даже при сбое программы или Windows данные не будут потеряны. Только сбой жёсткого диска может привести к потере данных, поэтому необходимо регулярно создавать резервные копии на отдельном диске.
3.2 Список местоположений
Выберите пункт «Location List» в меню или нажмите кнопку «Location List» над панелью навигации. Эта опция открывает окно с наиболее важной информацией о каждом месте отбора проб. Это полезно, когда вы ищете определённое место или хотите получить обзор всех мест отбора проб в заданном районе.
В зависимости от цели этот список также можно сортировать по дате, а не по названию локации. Существует несколько вариантов отображения списка:
• Показать все локации без выделения.
• В правом верхнем углу окна можно ввести название десмида (часто достаточно части названия). Из списка соответствующих водорослей выберите нужную. В списке будут показаны только те локации, где была обнаружена выбранная десмида. Если вы хотите найти десмид, которого нет в списке, введите полное название и нажмите ENTER.
• Показать все территории, принадлежащие определённой природоохранной организации.
• Введите название локации (или его часть), чтобы быстро найти все данные образцов из определённой локации.
• Поиск по комментарию к десмиду. Вы можете искать по комментарию, размещённому после названия десмида.
• Наконец, можно ввести год, и выборка будет ограничена этим годом.
Чтобы выбрать строки из списка отображаемых местоположений, удерживайте клавишу CTRL и щёлкните мышью по строкам/строкам, которые вы хотите выбрать. Если из одной области взято несколько образцов, может быть полезнее рассчитать значение природоохранной ценности для этой области, а не для каждой точки выборки отдельно. Кнопка в левом верхнем углу таблицы позволяет рассчитать значение природоохранной ценности для выбранного вами варианта.
Вы можете изменить отображаемые столбцы (поля) базы данных:
Щёлкните по названию столбца, который хотите изменить. Откроется небольшое окно, в котором можно выбрать нужное поле. Нажмите «ОК», и старый столбец с полем будет заменён новым. Чтобы добавить столбец, просто щёлкните правой кнопкой мыши по названию столбца, и появится новый пустой столбец. Затем измените название этого нового столбца. Используйте сочетание клавиш CTRL + ПРАВАЯ КНОПКА КНОПКИ, чтобы удалить крайний правый столбец.
3.3 Природоохранные ценности
Природоохранные показатели (NCV) отображаются в отдельном окне (рис. 3.2). Значение различных чисел подробно объяснено в работе (Coesel, 1998). Данное руководство не является подходящим местом для этого. Дополнительная функция заключается в том, что при наведении курсора мыши на индикаторы кислотности и трофического уровня появляется всплывающее окно, показывающее, какие виды в образце относятся к той или иной среде. Также можно отобразить найденные виды из Красной книги (наведите курсор мыши на количество видов из Красной книги).
Кроме того, в отдельном списке внизу показаны названия, которые программа не нашла в TaxalistAnnotated. Для расчета показателя природной ценности (NCV) и определения наличия вида в Красной книге необходимо получить информацию из TaxalistAnnotated. Виды, не входящие в этот список, не могут быть включены в расчет.
Примечание:
В DDB чистая природная ценность (NCV) рассчитывается несколько иначе, чем указано в работе Coesel (1998). Coesel не учитывает разновидности. Поскольку разные разновидности некоторых видов различаются по экологическим предпочтениям и редкости, в DDB каждая разновидность включается в расчёт чистой природной ценности.
Также можно применить другой метод расчета NCV. Исходный метод Coesel использует ступенчатый подход, поэтому при добавлении нового вида NCV может увеличиваться на 1 пункт (иногда даже на 2). Neustupa и др. (2023) используют модифицированный метод расчета, который предполагает меньшие приращения. В этом случае DDB использует непрерывную функцию вместо пошагового метода расчета (рис. 3.3). Этот метод предотвращает скачки NCV на один или два пункта при добавлении одного нового вида. Обычно оба метода дают схожие значения, но иногда разница может составлять более одного пункта, если значение метода Coesel близко к критическому.
Я разработал метод, использующий функцию:
Кислая
D: 0,25+0,8*d^0,35 (если d > 30, то D=3)
R: 0,25+0,9*r^0,32 (если r > 30, то R=3)
S: 0,22+0,8*s^0,41 (если s > 40, то S=4)
Слабокислая
D: 0,22+0,8*d^0,305 (если d > 50, то D=3)
R: 0,25+0,8*r^0,325 (если r > 40, то R=3)
S: 0,27+0,6*s^0,415 (если s > 80, то S=4)
Щелочная
D: 0,25+0,8*d^0,35 (если d > 30, то D=3)
R: 0,25+0,9*r^0,45 (если r > 10, то R=3)
S: 0,22+0,8*s^0,41 (если s > 40, то S=4)
Значения D, R и S близки к значениям, полученным Neustupa и соавторами, но иногда превышают значения, полученные Coesel. Это связано с дискретным изменением значений D, R и S в системе, изначально разработанной Coesel.
Файл TaxalistAnnotatedNL.dbf, в принципе, можно настроить по своему усмотрению. Проще всего это сделать в Open Office или LibreOffice. После внесения изменений в таблицу файл можно сохранить в Open Office как файл .dbf. Открытие и сохранение в формате .dbf, похоже, не работает в последних версиях Excel.
Вносите эти изменения, только если вы уверены в своих действиях!
3.4 Карты распространения
При выборе этой опции откроется новое окно. Справа отображается карта распространения. В левом нижнем углу вы видите полный список всех десмидиевых, найденных в базе данных (рис. 4). Щелкнув по названию вида в этом списке, вы увидите карту распространения этого вида.
Примечание: В случае возникновения неполадок из-за ошибки в базе данных, надпись «Calculating…» сверху может остаться видимой. Нажав кнопку «Clear Map», вы можете сбросить настройки программы. Во многих случаях причина проблемы кроется в неверных значениях даты и координат.
Если вы не уверены в правильности своего определения, вы можете исключить эти результаты из отображения. При выборе варианта «Neglect D, 0, cf., N» все вхождения в базу данных мёртвых клеток (D), обилие 0 (только мёртвые клетки), ср. в названии и N (в поле «Уверенно») будут исключены из отображения. Если вы хотите игнорировать разновидности, вы можете сделать это. Третий вариант позволяет отображать только те виды, зигоспоры которых вы обнаружили.
Таксономия десмидовых всё ещё меняется. Поэтому вполне возможно, что в вашей базе данных есть виды со старыми и новыми названиями. Чтобы отобразить их все, установите флажок «Использовать текущие названия». Файл TaxalistAnnotated содержит ссылку на текущие названия и может отображать виды со старыми и новыми названиями на одной карте.
Существуют дополнительные возможности фильтрации данных. Они будут рассмотрены далее в этом руководстве.
Если карта слишком большая и не помещается на экране, нажмите правую кнопку мыши, а затем с помощью мыши переместите карту в область, которую хотите осмотреть. Или перейдите на вкладку «Карты» и выберите опцию «Adjust map to window size».
В левом верхнем углу вы видите несколько вкладок, предоставляющих доступ к следующим параметрам:
Вкладки для отображения точек на карте
Dots
Здесь вы можете выбрать способ отображения точек. Вы можете настроить форму, размер и цвет точек. В большинстве случаев значения по умолчанию позволят создать пригодную для использования карту.
Primary
При выборе этой вкладки и щелчке по названию десмидии в таблице ниже будет создана совершенно новая карта. Таким образом, будут отображаться только точки, показывающие распространение одного вида.
Sec1 t/m Sec5
Если вы выбрали этот параметр, вы можете рисовать точки так же, как при использовании основной вкладки. Разница заключается в том, что теперь карта не будет очищаться при выборе другого вида. Таким образом, вы можете создать карту распространения, содержащую информацию о нескольких видах. При необходимости вы можете использовать разные формы, цвета и размеры для разных видов. На рисунке 5 показано распространение Haplotaenium minutum и Haplotaenium indentatum на одной карте.
Special
Здесь можно показать распределение определённого вида до и после определённого года. Есть и другие способы добиться этого, но этот метод гораздо проще в применении.
All locations
Здесь показана карта всех местоположений в базе данных.
Position of the dots
Здесь вы можете выбрать способ представления данных: точный, на уровне километра или на уровне 5 километров. Вы также можете настроить форму, размер и цвет точек.
Примечание: В случае координат LatLon вы можете изменить точность на «accurate» и «square». При выборе «accurate» точки всегда будут располагаться максимально точно. При выборе «square» карта будет разделена на квадраты размером 1’ (1 угловая минута) на 0,5’. Поскольку по вертикали 1’ = 1 морская миля (= 1,852 км), по вертикали квадраты будут иметь размер 926 м. Ширина квадратов зависит от широты. На широте 60° ширина также составит 925 м, то есть это будет идеальный квадрат. Для более низких значений широты ширина будет больше, а для более высоких — меньше.
Важно, чтобы используемые вами карты были откалиброваны в прямоугольной системе координат с использованием десятичных градусов.
Show in Google Earth
Если на компьютере установлена программа Google Earth, данные также можно визуализировать с помощью этой программы. При правильном вводе данных можно определить точное местоположение места отбора проб. В папке KML создаётся так называемый KML-файл с данными, которые вы хотите отобразить в GE. Эти файлы можно просматривать, не открывая DDB. Нажав на красные точки в Google Earth, можно получить дополнительную информацию о месте отбора проб.
Show in OS Maps (Open Street Maps)
Если компьютер подключен к интернету, данные также можно визуализировать в Open Street Maps. При достаточно точном вводе данных о местоположении на карте отображается точное местоположение образца. Эти места обозначены красными точками. В пункте меню «Preferences» можно выбрать размер точек.
Filter
Результаты можно фильтровать. Фильтр основан на так называемой постфиксной нотации и использует стек. Это имеет ряд преимуществ.
Перед выполнением операции компьютер считывает числа слева направо и помещает их в стек. Если есть оператор (знак +), эта операция применяется к двум верхним значениям в стеке. Результат возвращается в стек. Это продолжается до тех пор, пока не будет обработан последний оператор. Результат окажется наверху стека.
Пример 1: 3 4 +
Эта последовательность создаёт стек из двух чисел. Сначала 3, а сверху 4. Оператор + извлекает эти два числа из стека и складывает их. Результат (7) возвращается в стек. Больше нет элементов для считывания, поэтому вычисление завершено. Результат находится наверху стека.
Пример 2: 3 4 5 – +
После считывания трёх чисел 3 оказывается внизу стека, а 5 – наверху. Оператор – вычитает 5 из 4, и результат (-1) возвращается в стек. Таким образом, теперь в стеке 3 и -1. Затем считывается следующий оператор (+) и выполняется операция, результат 3+(-1) = 2 помещается в стек. Вычисление завершено, и ответ (2) находится в стеке.
Альтернатива: Мы также можем записать эту задачу как 3 4 + 5 -. Теперь 3 и 4 помещаются в стек. Оператор + работает с этими двумя числами. 3 и 4 удаляются из стека, а результат сложения (7) добавляется в стек. Теперь считывается и помещается в стек число 5. Оператор - извлекает эти два числа из стека и возвращает 7 - 5 = 2, которое помещается в стек. Вычисление завершено.
Преимущество этого метода заключается в том, что при вычислениях не требуются скобки.
Другой пример: калькулятор должен вычислить 4 + 6 / 2. Деление имеет приоритет над сложением, поэтому сначала должно быть выполнено деление, а затем сложение. Это дает в результате 4 + 3 = 7. Но если мы хотим сначала сложить, а затем разделить, мы должны использовать скобки в следующем формате: (4 + 6) / 2. Результат этого вычисления — 5. Как это сделать в постфиксной записи? В первом случае сначала должно быть выполнено деление, а затем сложение. Таким образом, это становится 6 2 / 4 + или 4 6 2 / +. Во втором случае сначала должно быть выполнено сложение, а затем деление, таким образом, 4 6 + 2 /. Поэтому скобки не требуются. В этом большое преимущество постфиксной записи.
В фильтре DDB мы не добавляем числа, но для каждой записи проверяется, является ли определённое условие для этой записи истинным или ложным. Это может быть так, а может и нет. Таким образом, строка с уравнением может быть истинной или ложной (T или F). Эти строки эквивалентны числам в калькуляторе из предыдущего примера. Можно использовать операторы AND, OR и NOT.
Здесь результаты операции также помещаются в стек. Операторы AND и OR всегда получают два результата из стека и возвращают одно значение обратно. Оператор NOT извлекает одно значение из стека и также возвращает одно значение.
Фильтр в DesmidDataBase
В левом столбце вводится имя поля, а в правом — значение, используемое оператором. Столбец «Op.» указывает на используемый оператор. Доступны следующие варианты: =, <>, <, <=,>,> = и «like». Последнее означает, что текст в поле базы данных должен где-то содержать этот текст. Если выбран фильтр с полем «Location», Op. «Like» и значением «Eexterfield», отображаются только данные, содержащие слово «Eexterfield». Примечание: фильтр нечувствителен к регистру.
При применении фильтра будут использоваться только записи, для которых результат фильтра верен.
Year >= 2000
Year<2005
AND
Теперь отображаются только данные с 2000 по 2004 год.
Обратите внимание, что отображаются только данные, соответствующие ALL правилам. Предположим, вы хотите увидеть результаты, которые NOT находятся в ведении Staatsbosbeheer, Natuurmonumenten или Het Drentse Landschap.
Это можно реализовать с помощью булевой логики: NOT ((owner = SBB OR owner = NM OR owner = HDL).
Это вводится в фильтр следующим образом:
owner = SBB owner = NM OR
owner = HDL
OR
NOT
Очевидно, что приведённые примеры работают только тогда, когда необходимая для фильтрации информация доступна в базе данных!
С помощью функции «Сохранить фильтр» фильтр можно сохранить в папке «Фильтры». С помощью функции «Открыть фильтр» можно открыть ранее сохранённые фильтры. В другом примере вы хотите увидеть результаты только по виду, обнаруженному в бассейнах. Код биотопа для бассейнов — 351. Существуют также коды для отдаленных бассейнов с кодами 351a и 351b. Для этого очень легко создать фильтр с правилом «биотоп», например, 351. Если не требуется дополнительных комбинаций, это единственное правило в фильтре. Доступные параметры также можно получить из файлов FieldNames.csv и biotopeCodes.dbf.
3.4.2 Варианты
Name(of the desmid)
Задайте положение (только четыре угла) и шрифт.
За названием можно разместить дополнительную информацию. Убедитесь, что сверху или снизу карты достаточно места для названия.
UF en KF
Поведение в этом случае немного отличается при использовании голландской сетки и координат LatLon.
Dutch RD grid:
UF (по-голландски «uurhokfrequentie») означает количество квадратов размером 5x5 км по отношению к общему количеству посещённых квадратов. KF (kilometerhokfrequentie) — это количество квадратов размером 1x1 км по отношению к общему количеству посещённых квадратов. Это значение отображается в правом верхнем углу карты (см. рисунок 6). UFK и KFK — соответствующие классы.
Для перевода частоты в класс используется логарифмическая шкала (см. таблицу 1).
LatLon grid:
Здесь у нас есть только сетка размером 1’ x 0,5’. Таким образом, количество «квадратов», в которых встречается конкретный вид, зависит от количества посещённых квадратов.
Название и информация о численности отображаются в правом верхнем углу карты, но это положение (и шрифт текста) можно изменить (см. рисунок 3.6).
Legend
Если на одной карте отображено несколько видов, легенду можно разместить в правом верхнем углу карты (см. рис. 3.7). После создания текста легенды (с помощью кнопки «Make Legend») текст можно редактировать. Если текст вас устраивает, выберите «Place Legend».
Если текст на карте выглядит не так, как задумано, его можно удалить с помощью кнопки « Remove text». После внесения изменений текст можно разместить заново.
3.4.3 Сохранение
Карты распределения можно сохранить в формате BMP, PNG или JPG. Здесь вы можете выбрать нужный тип изображения. Другой вариант, который будет рассмотрен далее в этом руководстве, — сохранение диаграммы pH-EC и фенологической диаграммы.
3.4.4 Карты
DDB поставляется с тремя картами Нидерландов, но вы можете добавить свои карты. Поставляемые карты откалиброваны в голландской системе координат RD, но для других стран лучше использовать карты в прямоугольной системе координат (Широта-Долгота).
Как добавить свои карты?
Выберите «Open map» и откройте файл BMP или JPG, содержащий карту интересующей вас местности в прямоугольной системе координат. Программа выдаст предупреждение о том, что карта не откалибрована. Для калибровки карты нажмите на две противоположные точки на карте с известными координатами. Программа запросит координаты выбранной точки. Откалиброванная карта будет сохранена и сразу же будет использоваться в качестве карты по умолчанию. При замене карты на новую вы всегда можете открыть откалиброванную карту. Если вас не устроит калибровка, вы всегда можете повторно откалибровать карту.
3.4.5 Представление данных
Помимо отображения данных на карте, мы также можем представить их в таблице (рис. 3.8). Вы можете сортировать эту таблицу по местоположению, дате или координатам. Если нажать на название местоположения, все другие виды, встречающиеся в этом месте, будут показаны в таблице под списком местоположений.
Наконец, информацию об окружающей среде можно отобразить в отдельном поле (рисунок 3.9). Значения pH и электропроводности представлены в таблице, а также на диаграмме. Информация об окружающей среде представлена в таблице, а даты отбора проб — на диаграмме.
3.5 Данные сотовой связи
В данный момент эта опция отображается только при использовании километровой системы координат. Она не работает для широты и долготы!
Вы можете выбрать квадрат размером 1x1 км или квадрант (квадрат размером 5x5 км) и составить таблицу всех видов, обнаруженных в этом квадрате (рис. 3.10). Вы можете выбрать квадрат щелчком мыши на карте или ввести координаты в левом верхнем углу формы. Дополнительная информация будет отображаться красным цветом (общее количество таксонов), синим цветом (количество образцов, взятых из этого квадрата) или зеленым цветом (количество квадратов размером 1x1 км в указанном квадранте). Существует возможность ограничить эту информацию определенным периодом. Также вы можете игнорировать сомнительные результаты или неизвестные виды (например, с пометкой «cf» или «not in the taxalist»). Вы можете игнорировать разновидности и использовать текущие названия.
Дополнительный вариант — создать карту с указанием общего количества таксонов, общего количества образцов и общего количества квадратов 1x1 км в одном квадрате 5x5 км, включающем ВСЕ квадраты данной области (рис. 3.11). Цвета можно изменить, нажав на три красных крестика в легенде.
Примечание: В случае возникновения неполадок из-за ошибки в базе данных, надпись «Calculating…» сверху может остаться видимой. Щёлкнув по этой надписи, можно сбросить программу. Во многих случаях причиной проблемы являются неверные значения даты и координат.
На рисунке 3.12 показано, как можно отобразить охват участков отбора проб по всей провинции. Он представлен цветным квадратом, цвет которого зависит от общего количества посещённых квадратов размером 1x1 км в одном квадрате размером 5x5 км. Здесь также можно настроить цвета, нажимая на цветные квадраты в легенде.
Наконец, вы можете сохранить числовые данные и карты для дальнейшей обработки. Если вы хотите использовать другую карту, выберите одну из уже откалиброванных карт (кнопка внизу этой вкладки).
Наконец, можно построить график плотности популяции (рис. 3.13). Вы можете выбрать цвета 1, 3 и 4. Промежуточные цвета полей 2 и 4 будут выбраны автоматически.
3.6 Таблицы
Если вам нужно составить отчёт о видах, обнаруженных в ваших образцах, очень удобно, если это можно сделать более или менее автоматически. При выборе этой опции откроется окно со списком всех местоположений в вашей базе данных. Вы можете ограничить количество местоположений, применив соответствующий фильтр (см. рисунок 3.14 в левом верхнем углу). Таким образом, вы можете ограничить выборку определённым местом или районом, а также местами, где был обнаружен определённый вид.
В рамках выбранного выбора вы можете сделать подвыбор, щёлкнув по нужному местоположению. Эта строка будет окрашена в светло-голубой цвет. Щёлкните по этой строке ещё раз, чтобы отменить выбор. Для ещё большего упрощения выбора можно использовать три кнопки: «Select All», «Select Nothing» и «Invert Selection».
Самая важная опция после выбора соответствующих местоположений — создать список видов для выбранных местоположений (рисунок 3.15). Обратите внимание, что виды, занесённые в Красную книгу, также будут перечислены в этой таблице. Это очень полезная опция, если вам нужно составить отчёт, включающий таблицу всех обнаруженных видов.
Если вы хотите объединить данные образцов, взятых в разные даты, в один столбец, вы можете сделать это, используя столбец «Merge». На рисунке 14 показаны образцы из Озёрного края Великобритании. Я выбрал все образцы с холма Лоуригг.
Это достигается фильтрацией по названию локации по слову «‘Loughrigg». Локации, которые нужно объединить, должны иметь одинаковый номер в столбце «Merge». В этом примере мы ввели «1» для пруда с лилиями (Lily Tarn) и «2» для Black Mire. Если вы оставите остальные поля открытыми, система присвоит другим номерам все остальные локации. В результате получится список видов с меньшим количеством столбцов (см. рисунок 3.15). Вы также можете увидеть в списке локаций, что, например, все локации в Black Mire теперь имеют номер 2.
Обратите внимание, что при использовании кодов обилия 1, 2 и 3 в списке будет указано наименьшее значение. Если используются другие единицы измерения (например, клетки на мл), то все значения будут представлены через символ «/».
Другой вариант — создать список с показателями природоохранной ценности образцов (рисунки 3.16 и 3.17). Эту таблицу также можно использовать в отчётах для природоохранных организаций.
При сохранении списка видов или списка с природоохранной ценностью сохраняется также информация о местоположении. Обычно сохраняется только информация о местоположении, как показано на рисунке 3.15, но если вам нужна ВСЯ информация о местоположении, установите флажок в правом верхнем углу: «Add all location info».
3.7 Исправить имена десмидиевых в базе данных
Иногда найденный вид получает предварительное рабочее название. Если этот вид встречается чаще, это название появится в базе данных в разных местах. Если позже появится более подходящее название, удобно заменить это рабочее название сразу во всей базе данных. Или, если разновидность переведена на уровень вида и вы хотите обновить его в базе данных, для этого доступен модуль в разделе Файл → Исправить названия в базе данных (см. рис. 3.18).
В левом столбце вы увидите названия, которых нет в TaxaListAnnotated или в AdditionalTaxalist. Вы можете выбрать название в этом столбце. Данные о месте обнаружения будут отображаться в верхней части среднего столбца. Ниже отображается выбранное название и предлагаются варианты нового названия. Иногда сомнительное название — это название, введённое вручную с опечаткой. В большинстве случаев правильное название уже предложено. Затем название можно изменить в этом месте базы данных или в любом месте, где оно встречается. Если названия нужно изменять только при наличии фотографии (или сохранившегося образца), это можно выбрать (или исключить). В самом низу среднего столбца находится опция исправления неправильно сформированных названий.
Часто ошибки возникают из-за ручного ввода, например, слишком большого количества пробелов или заглавной буквы после «var» (нестандартная функция Excel). Эта функция может исправить большинство ошибок.
И наконец, ошибки в базе данных можно исправить, если название постоянно присваивалось неправильному виду. Для этого название можно выбрать из правого столбца.
Примечание: В TaxaListAnnotated изменённые названия также включаются в список вместе со старыми. При создании таблиц можно использовать только новые названия. Если в базе данных присутствуют как старые, так и новые названия, старые названия будут «автоматически преобразованы» в новые.
3.8 Создать папку с фотографиями
Иногда требуется папка для хранения дополнительной информации о конкретном месте сбора образцов. Например, карт, данных об окружающей среде, фотографий видов, обнаруженных в этом месте, и т. д. Программа позволяет создать папку с тем же названием и координатами, что и в базе данных. При выборе этого варианта программа предлагает имя, и вам остаётся только принять это имя или изменить его, а затем принять изменённое. Используя предложенные имена, вы получите структуру каталогов, которая позволит легко найти сохранённую дату (рис. 3.19).
3.9 Настройки
В этом окне можно задать несколько значений по умолчанию, которые будут использоваться при каждом запуске программы (рисунок 3.20).
Параметры экспорта:
• Add Taxon info to TAB separated export: добавить дополнительную информацию к каждому экспортируемому десмиду, например, имя автора, кислотность, редкость и т. д. (вся информация, которая также может быть найдена в аннотированном списке таксонов).
• Sort locations on: выберите по названию местоположения или дате (по возрастанию или убыванию).
• Select your language: выберите язык. Доступно только два варианта: голландский (NL) или английский (EN).
• Analyst: здесь можно ввести имя (или инициалы) аналитика по умолчанию. Каждый раз при выборе нового местоположения (образца) это имя будет автоматически использоваться для аналитика.
• Photo folder: выберите основную папку, в которой будут создаваться подпапки с фотографиями.
• В ящичке-плоте можно выбрать вертикальный или горизонтальный график. Выберите наиболее удобный вариант.
• Annotated Taxa List. При выборе голландской системы координат RD при открытии базы данных автоматически выбирается нужный раздел TaxalistAnnotated. При выборе координат LatLon выбирается европейский раздел TaxalistAnnotated. При необходимости вы можете изменить это положение.
• Open Street Maps Здесь также можно настроить размер точек маркеров в Open Street Maps.
3.10 Помощь
Здесь вы можете либо выбрать отображение данного руководства, либо отобразить окно «О программе», в котором будет указана информация о версии и веб-сайты с соответствующей информацией о Desmids или где можно найти обновления программного обеспечения (рисунок 3.21).
4. Наконец
Регулярно создавайте резервные копии данных на ДРУГОМ компьютере или USB-накопителе! Вы не будете первым, кто потеряет всю информацию по какой-то глупой ошибке!
Литература
- Coesel, P.F.M., 1998. Sieralgen en Natuurwaarden. Wetensch. Meded. K.N.N.V. 224, Utrecht.
- Coesel, P.F.M. &K. Meesters, 2007. Desmids of the Lowlands, KNNV Publishing, Zeist.
- Coesel, P.F.M. &n K. Meesters, 2023. Desmids of the Lowlands. 2nd edition, KNNV Publishing, Zeist.
- Neustupa, J., J. Stastny, & K. Woodard. Ecological monitoring of disturbed mountain peatlands: an analysis based on desmids. Biodiversity and Conservation 32.8 (2023): 2671-2691
- Vogelbescherming Nederland, 2007. Topografische Inventarisatieatlas, Zeist.